לאפרת תואר ראשון במדעי החיים. אפרת בעלת תואר שני בגנטיקה ודוקטורט בביולוגיה התפתחותית וגנטיקה מאוניברסיטת תל אביב. התעניינותה בתאי גזע עובריים ככלי לחקר המנגנונים האחראים להתמיינות תאים הובילה אותה לעבוד כבתר-דוקטורנטית במרכז לחקר תאי גזע באוניברסיטת ייל שבארה"ב, ולאחר מכן כעמיתת מחקר באוניברסיטת קליפורניה שבסנטה ברברה.
ד"ר אפרת אורון הצטרפה לתכנית ממשק מתוך תפיסה שהמדע יכול להוות כלי רב עוצמה לשימור ולשיפור הסביבה במדינה. אפרת שואפת להשפיע ולקחת חלק בעיצוב מדיניות בתחומי מדע וסביבה, תוך שימוש בידע ובכלים המדעיים שצברה במשך שנים רבות כחוקרת.
המנהלת היא יוזמה ממשלתית שמטרתה לצמצם את התלות העולמית בנפט על ידי הקצאת משאבים לפיתוח סוגי דלק חלופי וטכנולוגיות נלוות ולקידום השימוש בהם.
במסגרת תפקידה במנהלת במהלך שנתה בממשק, עסקה אפרת בניתוח מדיניות וטכנולוגיות והיתה ממונה על הובלת פרויקטים שמטרתם למצב את מדינת ישראל כשחקן מרכזי בתהליך הפחתת התלות העולמית בנפט. היא היתה חברה בצוות התחבורה שהוקם במסגרת התכנית הלאומית לקביעת יעד להפחתת פליטת גזי החממה ושגיבש את יעד הפיתת הפליטות בסקטור התחבורה. אפרת גם אירגנה במסגרת תפקידה את כנס Starter הראשון, אשר הפגיש בין אנשי אקדמיה העוסקים בנושא דלק חלופי לתחבורה ובנושא תחבורה חכמה, והיה הראשון בסדרה של מפגשים שתפקידם לחזק את הקשר בין עולם האקדמיה לעולם העסקים והממשלה.