יונתן הוא בעל תואר ראשון בהנדסת ביוטכנולוגיה מאוניברסיטת בן-גוריון בנגב, תואר שני ושלישי בפיזיקה כימית ממכון ויצמן למדע, והשתלמות בתר-דוקטורט בפיזיקה יישומית באוניברסיטה העברית בירושלים. יונתן עסק במחקר בסיסי ובפיתוח שיטות בתחום של תהודה מגנטית, בדגש על הגברת אותות באמצעים פיזיקליים. מחקרו כלל בניית מערכות ניסוי; עריכת ניסויים בטמפרטורת נמוכות, בשדות מגנטיים גבוהים ובמערכות אופטיות; מחקר תאורטי אנליטי וחישובי המבוסס על מכניקת הקוונטים.

יונתן הגיע לתכנית ממשק מתוך רצון לתרום לחברה בכלל, ולהיבטים שונים של הסביבה בפרט, במטרה ללמוד על התנהלות הממשלה ועל היכולת לפעול בה, וזאת כדי להרחיב אופקים בתחומי הסביבה והחברה, וכן כדרך להתפתחות אישית.

במסגרת פעילותו במשרד השתתף יונתן בקידום נושאים שונים הקשורים לטיפול בפסולת, וכוללים נושאי מדיניות וכלים טכנולוגיים במטרה לקדם מִחזור, שימוש בפסולת להשבת אנרגיה וצמצום הטמנה.

 הנושאים שיונתן עסק בהם בשנת ממשק בתחום הטיפול בפסולת:

•  שימוש בדלק תוצר פסולת (RDF) – פסולת לא מסוכנת עתירת אנרגיה, כגון פלסטיק, בד, עץ, נייר וקרטון יכולה לשמש מקור אנרגיה חלופי לדלקים קונבנציונליים, בעיקר במפעלי ייצור מלט וכתחליף לפחם בתחנות חשמל. נייר עמדה בנושא, שסקר את השימוש ב-RDF בעולם והדגיש את היתרונות הסביבתיים והכלכליים הגלומים בשימוש זה, עזר בקידום הרחבת השימוש ב-RDF בארץ.
• קידום הסדרת הטיפול בגזם – פסולת גזם מורכבת מגזעי עצים, ענפים, זרדים, עלים ושאר חומר צמחי יבש, והיא בעלת נפח גבוה ביחס למשקל. גזם קצוץ יכול לשמש לחיפוי גינות, לשילוב בתהליך יצירת קומפוסט, להפקת אנרגיה ועוד. בפועל, שרשרת הטיפול בגזם סובלת מבעיות לכל אורכה: באיסוף, במתקני הטיפול ובפתרונות הקצה. הפעילות בתחום זה כללה את מיפוי הבעיות, התוויית פתרונות וקידומם במטרה להוביל לשיפור באיכות הגזם ובהשפעתו הסביבתית, לצד הפחתת עלויות הטיפול.
• הגדרת מעמד 'סיום פסולת' – 'סיום פסולת' מתרחש כאשר פסולת עברה טיפול מתאים שמסיר ממנה את מעמדה כפסולת והופך אותה לחומר גלם או מוצר. להגדרה זו יש חשיבות רבה לקידום פתרונות סביבתיים לפסולת, ובראשם הכנה לשימוש חוזר ולמִחזור, לצד מניעת מפגעים לבריאות האדם והסביבה הנגרמים מטיפול לא ראוי. כמו כן, הוא בעל חשיבות בהפחתת האסדרה ובעמידה ביעדים מדינתיים, כולל אלה המוגדרים בחוקי הפסולת.
• הרחבת השימוש בקטלוג הפסולת – קיום של קטלוג אחיד לסיווג פסולת מסוגים שונים מאפשר מעקב טוב יותר אחר הליך הטיפול בפסולת, מקדם טיפול נכון בפסולת, ומאפשר ליצור שפה אחידה בין גורמים שונים. קטלוג הפסולת האירופי כבר משמש עבור חומרים מסוכנים, והוא נמצא בתהליך הטמעה עבור פסולת עירונית ופסולת בנייה.
• קידום הטיפול בפסולת פריקה ביולוגית – פסולת עירונית פריקה ביולוגית, המורכבת בעיקר משאריות מזון, היא מקור מרכזי לפגיעה סביבתית במטמנות בגלל מפגעי ריח, שחרור גזי חממה וסכנה ליצירת מפגעי תברואה. שימוש בתהליכי קומופוסטציה (פירוק חומר ביולוגי בנוכחות חמצן) מונע את המפגעים שתוארו, ויכול להפוך את הפסולת למשאב. זאת, לצד שימוש בפסולת זו להפקת אנרגיה על ידי פירוק בתנאים מעוטי חמצן.
• טיפול מתקדם בפסולת – סקירת נושאים שונים הנוגעים למתקני השבת אנרגיה מפסולת ולמיון טכנולוגי של פסולת עירונית מעורבת.