ד"ר קרנית בכרטן הינה בעלת תואר דוקטור מהמחלקה להנדסת ביוטכנולוגיה באוניברסיטת בן גוריון בנגב, במסגרתו עסקה בפיתוח טכנולוגיית תאי דלק מיקרוביאליים. את התואר השני סיימה בהצטיינות במסלול האקולוגי במחלקה לזואולוגיה באוניברסיטת תל אביב, במהלכו עסקה במחקר האקולוגיה של שוניות ים סוף. קרנית סיימה בהצטיינות תואר ראשון במדעי הים והסביבה הימית במכללה הימית במכמורת (רופין).
